焦竑是明代著名的藏書家。《明史·文苑·焦竑傳》載：“（焦竑）博極群書，自經史至稗官，無不淹貫，善為古文，典正訓雅，卓然名家。”《中國藏書家考略》載：“（焦竑）藏書兩樓，五楹俱滿。”在今江蘇省南京市珠江路同仁街，1994年前有一座坐北朝南的雙層木結構建筑，它就是南京地區傳世最久的私家藏書樓建筑——澹園藏書樓。藏書樓建筑面積達350平方米。在南京，民間俗稱為“焦狀元樓”。

　　焦竑幼年、成年家境并不富裕，使焦竑自幼形成了嗜書、集書、抄書及后來條件改善后刻板印書的習慣。集腋成裘，使他成為晚明最大的私人藏書家，有“北李南焦”之說（李指齊東李開先，山東章丘人，明代戲曲家）。焦竑的藏書以抄本和宋明刊本居多。焦竑曾為自己豐富的藏書，編輯了一部兩卷本的《焦氏藏書目》。藏書樓有“澹園”、“抱甕軒”、“竹浪齋”、“萬軸稷”、“五車樓”、“欣賞齋”，等，自經史至稗官雜說，無不收羅。《澹生堂藏書訓》記其“金陵焦太史弱侯，藏書兩樓，五楹俱滿。余所目睹，而一一皆經校讎探討”。錢曾亦稱“近代藏書家，推章丘李（開先）氏，金陵焦氏”。曾編有《焦氏藏書目》2卷、《欣賞齋書目》6卷，均已佚。其“澹園”藏書樓一直保存至1994年，南京修建同仁大廈時被拆，歷經400余年。焦竑把自己的藏書樓命名為“五車樓”，把書房命名為“欣賞齋”——焦竑對收藏到的每一部書，幾乎都經過了親自校勘，并蓋有“澹園焦氏珍藏”、“子子孫孫永保”、“弱侯讀書記”、“竹浪齋品”、“弱侯”、“抱甕軒”、“漪南生”等印章。他的藏書曾經代表著明代南京地區私家藏書的最高水準，具有全國性的影響。對于焦竑的藏書，成為一些學者研究焦竑的切入點。晚清學者葉昌熾，在《藏書紀事詩·焦竑》中寫道：“委宛羽陵方蔑如，廣寒清暑殿中儲。校竑但惜無臣向，《七略》于今未有書。”

　　平生和李贄交往最厚。他認為佛經所說，最得孔孟“盡性至命”精義，漢宋諸儒所注，反成糟粕。企圖引佛入儒，調和兩家思想。刻印古籍甚多，大多是哲學及文學作品。他將讀書札記和論文，匯集成為了二十卷本的《焦氏筆乘》，成為焦竑考據與焦竑學術思想的重要文獻。

　　1996年12月，南京大學教授徐雁在南京出版社出版的《南京的書香》里，對《焦竑的澹園藏書》給予了專門介紹。2000年底，由國家圖書館館長任繼愈主編、出版的3卷本《中國藏書樓》，給予了系統介紹。

　　焦竑的藏書，在他謝世后，其出路為當時文人所關注。黃宗羲在《天一閣藏書記》中寫到“余在南中，聞焦氏書欲賣，急往訊之，不受奇零之值，二千金方得為售主……”，一方面，焦氏后人萬不得已，還不想賣掉先祖焦竑珍惜了一輩子的書，所以惜售不零賣；另一方面，黃宗羲拿不出“二千金”那么多錢來整狀求購，后來雖托人求購，但至“余歸而不果”。

　　在焦竑辭世二十多年后，在晚明的兵火動亂中，焦竑的藏書，最終還是散失了；“焦狀元樓”也在1994年春的南京同仁大廈工程中不幸被拆毀。這讓國內外眾多有識之士人扼腕嘆息！開始從諸多方面尋找、搶救這一中華民族的優秀文化遺產。民革全國代表大會代表、南京大學著名教授徐雁，一直十分關注焦竑及其遺產遺存的保護工作，并為之奔走呼號。