生于元世祖至元十六年，卒于元惠宗至元四年，年六十歲。（元詩選小傳云：至正四年卒。此從元史本傳）。其祖宗系雍古部（蒙古汪古都部，今內(nèi)蒙集寧附近）人，先世為雍古部貴族，聶思脫里派（基督教中國景教派）信徒。高祖錫里吉思是金代鳳翔兵馬判官，為國捐軀，死后封恒州刺史，子孫按照以官為姓的慣例改姓馬。曾祖月合乃，隨從元世祖忽必烈攻宋，留居開封，累官禮部尚書。父潤，同知漳州總管府事，移居光州，任光州監(jiān)軍。

　　馬祖常，在7歲時(shí)，就知道求學(xué)，得到點(diǎn)錢就用來買書。10歲時(shí)，燭火引起失火，引燃房屋，但他不慌亂，頻頻取水滅火。大伙議論紛紛，都認(rèn)為不一般。長大后，他篤實(shí)求學(xué)，由蜀中儒學(xué)家張摐傳授學(xué)業(yè)，他常提出不少質(zhì)疑，很受老師器重。元仁宗延祐初年，剛恢復(fù)科舉，他在鄉(xiāng)、會(huì)兩次考試時(shí)，皆中第一。廷試為第二，授應(yīng)奉翰林文字，拜監(jiān)察御史，官職做到御史中丞官。與袁桷、王士熙等互相切磋文字，相交甚密。

　　是時(shí)，仁宗在位已久，獨(dú)居?xùn)|宮常飲酒過度，不理朝政。馬祖常上書奏請(qǐng)?jiān)首冢骸耙蕴斓刈孀跒橹兀谩⒘⒊瘍x，御史執(zhí)簡，太史執(zhí)筆”提出十五件事，一一說明，屢屢建議。不久，成為皇太子慎簡的師傅。又上奏，彈劾丞相鐵木迭兒十大罪狀，元仁宗震怒，一下撤掉他的宰相官位。后來，又上奏，說泰州地動(dòng)山搖是由于“在野有當(dāng)用不用之賢，在官有當(dāng)言不言之佞”。指出賢才人士皆家居等。又因奏疏而降罪。多次因彈劾、舉薦獲罪，可知馬祖常“薦賢拔滯，知無不言”。不久改任宣政院經(jīng)歷，一月有余，辭職歸鄉(xiāng)。而后，又起用為社稷署令，改任開平縣尹。由于奸臣當(dāng)?shù)溃R祖常退隱潛居光州。奸臣死，馬祖常又任翰林待制。泰定年間，立太子，馬祖常擔(dān)任典寶少監(jiān)、太子左贊善官職，不久，任禮部尚書兼翰林直學(xué)士，因老人去世，在家中守喪數(shù)年，復(fù)出做官，再任禮部尚書、右贊善，不久又辭官歸鄉(xiāng)。

　　天歷元年（1328)，馬祖常入禮部任職，兩次知貢舉，一次讀卷官，當(dāng)時(shí)人稱馬祖常選拔得當(dāng)，為國家挑選出大量人才。后升為參議中書省事、南臺(tái)中丞。元統(tǒng)初年，馬祖常拜治書侍御史中丞、經(jīng)歷樞密副使。馬祖常辭官歸光州。后又派遣他出任江南、陜西行臺(tái)中丞，馬祖常以有病在身推辭，沒有前往。至元四年三月，馬祖常去世，年60歲，官至禮部尚書、樞密副使。贈(zèng)攄忠宣憲協(xié)正功臣、河南行省右丞、上護(hù)軍、魏郡公，謚號(hào)文貞。祖常初娶常州錄事判官之女索氏，又娶河南鎮(zhèn)守千戶和尚之女怯烈氏。子二人，任行省檢校官及秘書監(jiān)著作郎等職。